一、税务问题
企业的会计往往是税务会计、发票会计，审计中如果按《企业会计制度》进行调整，收入、费用等的确认方法与税法的规定往往有重大差异，难以调和。具体又有以下一些问题。
(一)流转税问题
税务部门对收入及有关的流转税的确认，通常以发票为依据。如果报表收入多于发票金额，往往采取"就高不就低"原则。但是，会计准则对于收入的确认与税法的规定不同，造成会计收入确认比税法滞后的情况。这种时间性差异在调整时往往受到很大限制。如调低以前年度收入后，并不能调减税金，但以后年度报表收入可能会高于发票金额(因将以前年度收入滞后的原因)。企业会担心如果税务部门按报表收入征税，可能导致重复征税。同时，年度之间进行纳税调整的工作量也很大。如果不做调整，又有违反会计准则、虚增收入之嫌。
(二)所得税问题
1.公司虚增收入、少计费用，导致多交所得税，上市审计时予以调整，利润减少，所得税却无法调减(因为尽管原来计错，退回的可能性不大)。
2.上市审计中，对前三年的报表按《企业会计制度》调整后，除累计利润的变化外，利润实现的时间也可能有较大变化。在期末应交税金不变的前提下，是否可以对前三年各年度损益表中的所得税进行调整，以更好地与当期利润相匹配?但是这样可能使前两年资产负债表的应交税金余额出现负数。
3.按《企业会计制度》核算造成的时间性差异(特别是因计提各项准备所造成的时间性差异)目前通常按“应付税款法”核算，容易造成损益表“所得税”金额与税前利润严重不匹配。理论上，用“纳税影响会计法”可以解决这一问题，但对中国企业来说，用“纳税影响会计法”往往是很不谨慎的。因为中国的税法计算应纳税所得比会计利润往往是提前的，而不像国外，税法计算的应纳税所得比会计利润往往是滞后的，典型例子如会计使用直线折旧法而税务使用加速折旧法。因此如果采用“纳税影响会计法”通常会导致出现巨额的“递延税款借项”(国外则是巨额的“递延税款贷项”)。而这些“递延税款借项”未来能否兑现，有很多不确定因素，包括税务政策、企业未来有无足够的应纳税所得，等等。其实，递延税款借项与递延税款贷项同样有可能无法实现，但不能实现的“递延税款借项”将导致巨额损失，“递延税款贷项”则是收益，因此，国外普遍采用的“纳税影响会计法”是出于谨慎原则，在国内却很难行得通。
(三)对几种解决方案的思考
1.企业除每月按会计制度编制会计报表，再按税法编制纳税申报表，并编制调节表调节二者之间的差异。但这样操作必须得到税务部门支持。目前，只有所得税有纳税调节表，但不能充分反映时间差异的影响；流转税则很少有调节表。税务部门仍存在过分强调发票与报表“就高不就低”的现象。
2.以前年度多报收入导致多纳税的，应允许改正。不过，目前理论上可以，实际上却难以操作。
3.积极向有关部门争取缩小税法与会计准则的差距。目前按税法计算的利润往往时间提早、金额夸大，严重增加企业负担，不利于鼓励投资。建议借鉴外国经验，通过推迟纳税时间来鼓励投资。特别是上市公司，运作较为规范，一般不会偷税漏税。目前“宁可多征，不可漏征”的模式对上市公司的打击最大。
二、往来款计息问题
股份公司与关联方的往来款是经常存在的，其中的应收款是否应该计息，往往存在争议：如果计息则有非法拆借资金之嫌，还存在回收性的风险，可能不够谨慎；不计息则又有侵犯股份公司利益之嫌，可谓左右为难。
同时，计息还存在交纳营业税的问题，特别是母公司统一筹集资金的情况下，母公司将从银行借入的资金转给子公司使用，相应收取资金占用费，是否需要计算营业税?如计算的话，将增加公司的资金成本。目前实际工作中的做法并不统一，很多情况下并未计税。
三、股权投资问题
(一)上市前运作不规范问题
公司上市前运作不规范，往往没有按权益法核算持股比例超过20%的股权投资，而又在上市审计前将这部分股权投资出售。这时，对前三年报表审计时，是否应在前面两个年度按权益法调整?这将直接影响三个年度各年度的利润(但不影响累计损益)，无论是否调整都可能沾上“调节利润”的嫌疑。
(二)投资收益问题
对按权益法计算的投资收益，是否应作为时间性差异在计算所得税时进行纳税调整，只将实际收到的分红(或股权转让损益等)计入应纳税所得额?按税法规定是应该这样做的，但经常都没有做这样的调整，因为所涉及的工作量很大，而且很难向税务机关和公司解释清楚。
(三)收购基准日问题
收购基准日如果是在月中，可否采用月末的数字作为核算依据?因为要求企业在月中结一次账是不大可能的，我认为应当可以从权处理。
(四)购入股权问题
如果购入股权时，被投资企业账面的所有者权益为负数，股权投资差额是等于投资成本还是等于“投资成本+按比例应占所有者权益的绝对值”?我认为，应当是投资成本。
四、资产重组问题
购入或出售资产是否必须评估或审计?达到多大金额就必须评估或审计?我认为，需要股东大会投票表决的收购或出售行为，应进行评估或审计(可由董事会决定是评估还是审计)，并在大会召开前公布简要的结果，为股东的决策提供依据。其余收购或出售行为，则应由董事会自主决策。
五、验资问题
(一)上市前后的验资问题
如果公司设立时由不具备证券期货业务资格的事务所验资，则必须由具备证券期货业务资格的事务所出具对原验资报告的审核报告。如果发现原来的验资报告不规范，实际收到的投资与章程有不符之处，是否可以采取措施补救?或是在上市前纠正即可?目前证监会对此并无明确说明，建议事务所有必要向有关部门提请解释。其实，许多公司以前年度存在不规范，都有一个如何补救的问题。许多问题正是因为不知道如何补救，迫使企业作假，修改历史资料，将有问题说成无问题。
(二)债务转为投资问题
债务转为投资是否一律视为现金投资?还是需要追查债务的来源?例如，因购入无形资产形成债务，如果转为投资，是否当作无形资产投资?来源无法查清的又如何处理?
六、原始报表与审计后报表的差异问题
证监会要求披露上市前三年原始报表与审计后报表的差异，何为原始报表?是公司原来已对外报送的(可能已由不具备证券业务资格的事务所审计的)会计报表，还是公司尚未对外报送的审计前的会计报表?后者是很容易被修改的。因此，我认为应采用公司已对外报送的最好是经审计的会计报表。
如果拟上市公司是由国有企业以其部分经营性资产发起设立的，则原始会计报表是否是整个原企业的会计报表?我认为，如果这部分经营性资产原来就是一个或数个独立核算单位，则可以原独立核算单位的报表作为原始报表。否则只能以整个原企业的报表作为原始报表。
七、合并报表问题
(一)持续经营但已资不抵债的子公司是否纳入合并范围?
理论上应该纳入，但实际上操作有困难。共同控制的合营企业应作比例合并，但也无具体的操作方法。目前实际上是各人根据自己的理解来操作。希望财政部能在新的合并报表准则中对此作出具体规定。
(二)实际操作中的作法是否合理?
按财政部的有关规定，子公司计提的盈余公积中母公司应占部分要计入合并报表的盈余公积中，以使合并报表盈余公积比母公司报表盈余公积多(未分配利润则相反)。但实际操作中许多公司没有这样做，而是维持合并报表盈余公积与母公司报表盈余公积相等。主要是由于存在以下的实际困难：
1.导致合并报表的利润分配与股份公司股东大会通过的利润分配方案不同，在附注中不易解释清楚，社会股东也不易理解。
2.如果子公司盈余公积较多而母公司未分配利润较少，可能导致合并报表未分配利润为负数。
3.如果收购或出售子公司导致合并范围变化，合并报表盈余公积和未分配利润也会随之变化，使利润分配表变得更加难以理解。理论上有这样的可能：因收购子公司导致合并范围扩大，合并抵销时增加盈余公积而减少未分配利润，使合并报表未分配利润仅因合并范围的变化就变为负数，显然是不合理的。
我个人认为，子公司的盈余公积计入合并报表是不太合理的，再加上上述实际困难的存在，编制合并报表时还是以不补计子公司的盈余公积为宜。
八、会计报表附表的问题
新的《企业会计制度》增加了许多会计报表附表，在编制审计报告时是否应将其包括在所附报表中呢?从已公告的中期报告来看，一般都有附表，但是有的没有全部附上。没附的主要是“应交增值税明细表”。其中的原因，我认为是由于其他表的内容在附注中都已披露，多附一张表也无妨。但应交增值税明细表的许多内容则是在附注中看不到的，披露出来既有可能泄露企业机密，又增加了注册会计师的责任，因此我个人认为这张表最好可以不附。
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